• Das entscheidende Organ der AEED ist die Vertreterversammlung, die zweimal im Jahr zusammentritt.  
• Die Vertreterversammlung wählt den Vorstand und beschließt die gemeinsamen Arbeitsvorhaben. 
• Zur Durchführung besonderer Aufgaben kann die Vertreterversammlung Kommissionen und Konferenzen berufen.  
• Für Fragen des Religionsunterrichts besteht eine ständige Kommission.  
• Fragen der Pädagogik, Schulentwicklung und Bildungspolitik bearbeitet eine dafür eingesetzte Arbeitsgruppe.  
• Die geschäftsführende Referentin koordiniert die Arbeit der Gremien, Kommissionen und Arbeitsgruppen. 
• Die übrigen Aufgaben werden von ehrenamtlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern wahrgenommen.